RepeatsDB (http://repeatsdb.bio.uni

RepeatsDB (http://repeatsdb.bio.unipd.it/) is a database of annotated tandem repeat protein structures. Tandem repeats pose a difficult problem for the analysis of protein structures, as the underlying sequence can be highly degenerate. Several repeat types haven been studied over the years, but their annotation was done in a case-by-case basis, thus making large-scale analysis difficult. We developed RepeatsDB to fill this gap. Using state-of-the-art repeat detection methods and manual curation, we systematically annotated the Protein Data Bank, predicting 10 745 repeat structures. In all, 2797 structures were classified according to a recently proposed classification schema, which was expanded to accommodate new findings. In addition, detailed annotations were performed in a subset of 321 proteins. These annotations feature information on start and end positions for the repeat regions and units. RepeatsDB is an ongoing effort to systematically classify and annotate structural protein repeats in a consistent way. It provides users with the possibility to access and download high-quality datasets either interactively or programmatically through web services. © 2013 The Author(s). Published by Oxford University Press.

Результаты (русский) 1:

RepeatsDB (для http://repeatsdb.bio.unipd.it/) представляет собой базу данных аннотированный тандеме повторить белковых структур. Тандемных повторов представляют собой сложную проблему для анализа белковых структур, как базовой последовательности может быть сильно вырожденных. Некоторые повторить виды гавань были изучены с годами, но их аннотации было сделано в случая, что затрудняет анализ крупномасштабных. Мы разработали RepeatsDB для заполнения этого пробела. Используя методы повторного обнаружения искусства и ручной курирование, мы систематически Аннотированная банк данных белков, предсказывают 10 745 повторить структур. В целом 2797 структуры были классифицированы согласно схеме недавно предложенной классификации, который был расширен для размещения новых результатов. Кроме того были проведены подробные аннотации в подмножество 321 белков. Эти аннотации есть информация на начальную и конечную позиции для повторения регионов и единицы. RepeatsDB — постоянном стремлении систематически классифицировать и аннотировать структурного белка повторяет последовательным образом. Она предоставляет пользователям возможность доступа к и скачать высокого качества наборов данных в интерактивном режиме или программно через веб-службы. © 2013 автора(ов). Опубликовано в Oxford University Press.

Результаты (русский) 2:

RepeatsDB (http://repeatsdb.bio.unipd.it/) представляет собой базу данных аннотированный тандемных повтора белковых структур. Тандемные повторы представляют сложную проблему для анализа белковых структур, как основной последовательности может быть весьма вырожденной. Несколько типов повтора убежищем изучались на протяжении многих лет, но их аннотации было сделано в индивидуальном случая, что делает крупномасштабный анализ сложно. Мы разработали RepeatsDB заполнить этот пробел. Использование состоянии современных методов обнаружения повторите и ручной курирование, мы систематически аннотированный белка банк данных, предсказывающий 10 745 повторных структуры. В целом, 2797 структуры были классифицированы в соответствии с недавно предложенной классификации схемы, которая была расширена, чтобы приспособить новые данные. Кроме того, подробные аннотации были выполнены в подмножестве 321 белков. Эти аннотации представлена ​​информация о начальных и конечных положений для повторных регионов и подразделений. RepeatsDB требует постоянных усилий, чтобы систематически классифицировать и комментировать структурные повторы белка на постоянной основе. Это предоставляет пользователям возможность доступа и загрузки высококачественных наборов данных в интерактивном или программно через веб-сервисы. © 2013 Автор (ы). Опубликовано Oxford University Press.

Результаты (русский) 3:

repeatsdb (http://repeatsdb.bio.unipd.it/) - это база данных о аннотированная тандемный повтор белковой структуры.тандем вновь создают проблемы для анализа белковых структур, как основной последовательности, может быть весьма деградировать.несколько видов не были изучены повторять годами, но их пояснения было сделано на индивидуальной основе, в результате чего масштабного анализа трудно.мы разработали repeatsdb заполнить этот пробел.использование современных методов обнаружения и руководства повторить курирование мы систематически аннотированная белка в банк данных, прогнозирования 10 745 повторить структур.в целом, 2797 структур были классифицированы в соответствии с недавно предлагаемой классификации схему, которая была расширена для размещения новых выводов.кроме того,подробные аннотации были проведены в подгруппе 321 белков.эти аннотации особенность информацию о позиции для начала и окончания повторных районов и подразделений.repeatsdb предпринимаются усилия для систематического классификации и указать структурного белка повторяет последовательным образом.она предоставляет пользователям возможность доступа и загрузки высококачественных данных, либо в интерактивном режиме или программно просматривать веб - услуг.© 2013 года автор (ы).published by Oxford University Press.